Le service de cahier de laboratoire électronique est coordonné entre le service science ouverte et appui à la recherche du Service Commun de Documentation (SCD) et la Direction de l’Innovation et des Partenariats (DIPa), avec le soutien technique de la Direction des Systèmes d’Information et du Numérique (DSIN)

Un cahier de laboratoire électronique?

Le cahier de laboratoire électronique (CLE) est le pendant numérique du cahier de laboratoire papier, comme ce dernier, il documente au jour le jour les activités de recherche et le détail des travaux scientifiques. Il est censé garantir la traçabilité, et la reproductibilité des recherches tout en attestant de la qualité et de la véracité des données. Il peut le cas échéant servir de preuve à l’antériorité et à la propriété des données.

Il est le mieux adapté aux structures où le travail n’est pas ou peu routinier tel que les laboratoires de recherche ou de R&D. Les principaux bénéfices des CLE sont leur capacité à retrouver rapidement les informations/données qu’ils contiennent (fonction recherche), mieux les partager et améliorer les collaborations. La structure des CLE tend à mieux organiser les données et les stocke de manière plus sécurisée.

eLab FTW le choix de l’université de Montpellier

Après une période de benchmarking et de tests auprès de plusieurs unités, l’Université de Montpellier a choisi la solution eLabFTW pour plusieurs raisons :

1. Science ouverte : logiciel open source sous licence AGPLv3, déposé sur GitHub, développé à l’origine dans l’ESR français. Il facilite la production de données FAIR.
2. Praticité : application web fonctionnant sur tous les systèmes d’exploitation, proposée en SaaS par la société Deltablot (concepteur du logiciel). C’est un logiciel polyvalent, facile d’utilisation, avec une prise en main rapide. Une large communauté d’utilisateurs existe autour d’eLabFTW. Il est notamment utilisé par le CEA, le CNRS, l’INRIA, l’INRAE et l’IRD.
3. Conformité légale : conforme aux normes d’admission de la preuve littérale électronique (article 1366 du code civil), au référentiel général d’amélioration de l’accessibilité (RGAA), et au  WCAG 2.0.
   Il dispose d’un horodatage certifié eIDAS 2014.
4. Sécurité des données : transfert des données entièrement chiffré (TLS 1.3). Noté A+ sur l’HTTP Observatory. Certifié « argent » par l’Open Source Security Foundation. C’est la première application certifiée CNRS, notamment sur des critères de sécurité. Validé par les RSSI et FSD de l’UM. Données entreposées sur un serveur SecNumCloud 3.2.
   

Principales fonctionnalités d’eLab FTW

essai

Comment le CLE aide à la production de données FAIR

Les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) décrivent comment les données doivent être organisées pour être plus accessibles, compréhensibles, échangeables et réutilisables.

Findable (trouvable)

• Toutes les entrées du CLE possèdent un identifiant unique.
• Les entrées sont décrites avec de nombreuses métadonnées (auteur(s), dates de création, tags, liste de fichiers liés etc), elles-mêmes liées à cet l’identifiant.
• eLab FTW possède des options de recherche puissantes permettant de retrouver rapidement les données ou métadonnées.

Accessible

• Toutes les données peuvent être partagées dans leur intégralité sur simple autorisation de leurs auteurs.
• La solution étant déployée sur le net elle peut être accessible partout dans le monde (selon les paramètres d’administration système et les options de partage de l’auteur).
• Les entrées peuvent être exportées au format .pdf les rendant lisibles par tous.

Interopérable

• On encourage le dépôt de données dans des formats ouverts ou communément utilisés dans les communautés de recherche dont elles sont issues.
• Les expériences rédigées dans le CLE sont stockées au format JSON (format ouvert).
• eLab FTW est membre du consortium ELN qui travaille à la diffusion du standard .eln pour les données de cahier de CLE.

Réutilisable

• Le CLE permet la duplication d’entrées et la création de modèles d’expérience réutilisables.

À qui est destiné le cahier de laboratoire électronique ?

Le CLE déployé à l’UM est destiné à toute personne exerçant une activité dans une unité de recherche hébergée par l’Université de Montpellier, et ce, indépendamment de leur statut (chercheur, ingénieur, technicien, doctorant, stagiaire, etc.) ou de leur(s) autre(s) tutelle(s). Les usagers n’ont pas besoin d’être permanents pour accéder au service. Le service est entièrement gratuit.

Comment accéder au service ?

Si votre unité est éligible au service le ou la DU peut faire une demande en contactant l’équipe projet à : elabftw-assistance@umontpellier.fr. Il est recommandé d’organiser un séminaire de présentation dans l’unité avant l’ouverture du CLE.

À partir de septembre 2025, la demande pourra également être faite via le centre de services.

Qui m’accompagne ?

L’équipe projet vous accompagne à toutes les étapes du déploiement du CLE :

• Un séminaire de présentation d’une heure dans les unités
• La formation à l’utilisation de l’outil dans les unités, en présentiel ou distanciel (durée 2h)
• Formation à l’administration de l’outil  (durée 45min -1h)
• Session(s) de formation pour les doctorants au premier semestre
• Accompagnement au changement et intégration du CLE à la vie des laboratoires
• Rendez-vous individuel à la demande

Les formations et l’accompagnement à eLab FTW sont ouverts à tout personnel de l’UM même s’il utilise une instance fournie par une autre tutelle.

Le cahier de laboratoire a-t-il une valeur juridique ?

Oui. Comme le cahier papier, le cahier électronique peut servir de preuve de paternité, d’originalité ou d’antériorité en cas de conflit lié à la propriété intellectuelle.

La traçabilité des expériences est rendue possible par l’authentification (simple ou double) de chaque contributeur et leur datation est assurée par le logiciel, lui-même, qui conserve la date et l’heure de chaque modification. Il est également possible d’horodater ses expériences en faisant émettre un jeton certifié par Universign. L’horodatage certifié assuré par un tiers de confiance est une preuve forte de l’existence des données à la date indiquée.

Suis-je obligé d’utiliser les cahiers de laboratoire dans mon unité / équipe / groupe de recherche ?

Non. L’UM n’impose pas l’usage des cahiers de laboratoire électroniques.

Nous ouvrons des « équipes de cahier de laboratoire » à tout personnel de recherche qui en ferait la demande (avec l’accord de sa direction).

La question de l’obligation d’usage du CLE au niveau des unités ou leurs sous-divisions est laissée à la discrétion des directions concernées.

Néanmoins l’utilisation d’un cahier de laboratoire est fortement recommandée dans une démarche qualité en recherche, et la tenue d’un cahier de laboratoire, électronique ou non, est contractuellement obligatoire pour les étudiants en doctorat.

Les cahiers de laboratoire électronique ne sont-ils pas plus adaptés au travail de paillasse ?

Initialement, oui. À la fin des années 1990, les premiers CLE se sont développés au sein de la communauté des chimistes, dans une optique orientée recherche et développement.

Ainsi, une bonne partie des fonctionnalités implémentées dans ces outils était conçue spécifiquement pour cette discipline. Avec le temps, les champs disciplinaires couverts par les CLE se sont étendus. Soit par la création de nombreux CLE spécifiques dédiés à des domaines particuliers (agronomie, pharma/biomédical, géologie, etc.) ou bien par le développement de CLE génériques conçus pour s’affranchir des limites disciplinaires.

eLab FTW, est un CLE générique largement utilisé dans les disciplines qui utilisaient déjà les cahiers de laboratoire papiers telles que la physique, la chimie ou encore la biologie cellulaire et moléculaire, mais également dans les disciplines dont cet outil n’est pas au cœur du métier telles que les sciences du langage, la psychologie, la philosophie/histoire des sciences ou encore la géographie.

J’ai besoin de travailler hors du laboratoire (télétravail / sur le terrain), puis-je utiliser le cahier de laboratoire électronique ?

En tant que solution web, le CLE est accessible partout en France où vous avez une connexion internet ; l’interface d’utilisation fonctionne également sur tablette ou smartphone (écriture au stylet possible).

À ce jour, il n’est pas possible d’accéder au service si l’on ne dispose pas de connexion internet.

Où sont stockées mes données ?

Vos données ne sont pas stockées sur votre terminal, elles sont entreposées sur des serveurs sécurisés avec des redondances sur plusieurs sites appartenant à 3DS Outscale situés en région parisienne.

Vous pouvez à tout moment exporter vos données en .pdf, .csv, .zip ou .enl (format informatique dédié aux CLE). Les .zip et .enl peuvent être rechargés dans eLabFTW tel quel, permettant le transfert de vos expériences ou ressources d’une instance à une autre sans problème si vous le désirez.

J’utilise des fichiers gros volume, puis-je les uploader dans le cahier de laboratoire électronique ?

En premier lieu, le cahier de laboratoire électronique n’a pas vertu à servir d’entrepôt de données brutes (données protéomiques ou génomiques, ct-scan, vidéo longue ou en très haute définition).

Si vous utilisez des fichiers de grande taille, il est préférable de les déposer dans un entrepôt de données disciplinaire et d’importer le lien du fichier déposé dans le CLE (un onglet dédié peut être généré dans les entrées du CLE). Un lien vers un serveur de stockage local est également possible.

Pour éviter les surcharges, la taille maximale des fichiers importable a été limité à 100 MB par fichier, il est possible d’importer plusieurs fichiers.

Pour plus d’information

Le webinaire science ouverte dédié aux CLE

Bonnes pratiques de mise en place d’un cahier de laboratoire électronique du CNRS

L’instance de démonstration de elab FTW accessible à tous sans login