Le service de cahier de laboratoire électronique est coordonné entre le service Science ouverte et appui à la recherche du Service Commun de Documentation (SCD) et la Direction de l’Innovation et des Partenariats (DIPa), avec le soutien technique de la Direction des Systèmes d’Information et du Numérique (DSIN).

Un cahier de laboratoire électronique?

Le cahier de laboratoire électronique (CLE) est le pendant numérique du cahier de laboratoire papier. Comme ce dernier, il documente au jour le jour les activités de recherche et le détail des travaux scientifiques. Il garantit la traçabilité et la reproductibilité des recherches tout en attestant de la qualité et de la véracité des données. Il peut, le cas échéant, servir de preuve d’antériorité et de propriété des données.

Il est particulièrement adapté aux structures où le travail est peu ou non routinier, comme les laboratoires de recherche ou de R&D. Les principaux bénéfices des CLE sont leur capacité à retrouver rapidement les informations et données qu’ils contiennent (fonction de recherche), à mieux les partager et à améliorer les collaborations. Leur structure permet une meilleure organisation des données et un stockage plus sécurisé.

eLab FTW : le choix de l’université de Montpellier

Après une période de benchmarking et de tests auprès de plusieurs unités, l’Université de Montpellier a choisi la solution eLabFTW pour plusieurs raisons :

1. Science ouverte : logiciel open source sous licence AGPLv3, déposé sur GitHub, développé à l’origine dans l’ESR français. Il facilite la production de données FAIR.
2. Praticité : application web fonctionnant sur tous les systèmes d’exploitation, proposée en SaaS par la société Deltablot (concepteur du logiciel). C’est un logiciel polyvalent, facile d’utilisation, avec une prise en main rapide. Une large communauté d’utilisateurs existe autour d’eLabFTW. Il est notamment utilisé par le CEA, le CNRS, l’INRIA, l’INRAE et l’IRD.
3. Conformité légale : conforme aux normes d’admission de la preuve littérale électronique (article 1366 du code civil), au référentiel général d’amélioration de l’accessibilité (RGAA), et au  WCAG 2.0.
   Il dispose d’un horodatage certifié eIDAS 2014.
4. Sécurité des données : transfert des données entièrement chiffré (TLS 1.3). Noté A+ sur l’HTTP Observatory. Certifié « argent » par l’Open Source Security Foundation. C’est la première application certifiée CNRS, notamment sur des critères de sécurité. Validé par les RSSI et FSD de l’UM. Données entreposées sur un serveur SecNumCloud 3.2.
   

Principales fonctionnalités d’eLab FTW

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Comment le CLE aide à la production de données FAIR

Les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) décrivent comment les données doivent être organisées pour être plus accessibles, compréhensibles, échangeables et réutilisables.

Findable (trouvable)

• Toutes les entrées du CLE possèdent un identifiant unique.
• Les entrées sont décrites avec de nombreuses métadonnées (auteur(s), dates de création, tags, liste de fichiers liés etc), elles-mêmes liées à cet l’identifiant.
• eLab FTW possède des options de recherche puissantes permettant de retrouver rapidement les données ou métadonnées.

Accessible

• Les données peuvent être partagées intégralement sur simple autorisation de leurs auteurs.
• La solution est accessible en ligne (selon les paramètres de l’administration système et les droits définis).
• Les entrées peuvent être exportées en .pdf pour une lecture universelle.

Interopérable

• On encourage le dépôt de données dans des formats ouverts ou communément utilisés dans les communautés de recherche dont elles sont issues.
• Les expériences rédigées dans le CLE sont stockées au format JSON (format ouvert).
• eLab FTW est membre du consortium ELN, qui travaille à la diffusion du standard .eln pour les données de cahier de CLE.

Réutilisable

• Le CLE permet la duplication d’entrées et la création de modèles d’expérience réutilisables.

À qui est destiné le cahier de laboratoire électronique ?

Le CLE déployé à l’UM est destiné à toute personne exerçant une activité de recherche dans une unité hébergée par l’Université de Montpellier, quel que soit son statut (chercheur, ingénieur, technicien, doctorant, stagiaire, etc.) ou ses tutelles.
L’accès au service est gratuit, y compris pour les personnels non permanents.

Comment accéder au service ?

Si votre unité est éligible au service le ou la DU peut faire une demande en contactant l’équipe projet à : elabftw-assistance@umontpellier.fr. Il est recommandé d’organiser un séminaire de présentation dans l’unité avant l’ouverture du CLE.

À partir de septembre 2025, la demande pourra également être faite via le centre de services.

Qui m’accompagne ?

L’équipe projet vous accompagne à toutes les étapes du déploiement du CLE :

• Séminaire de présentation d’une heure dans les unités
• Formation à l’utilisation de l’outil (2 h), en présentiel ou à distance
• Formation à l’administration de l’outil (45 min à 1 h)
• Sessions spécifiques pour les doctorants au premier semestre
• Accompagnement au changement et intégration du CLE à la vie des laboratoires
• Rendez-vous individuel à la demande

Les formations et l’accompagnement à eLab FTW sont ouverts à tout personnel de l’UM, même en cas d’utilisation d’une instance fournie par une autre tutelle.

Le cahier de laboratoire a-t-il une valeur juridique ?

Oui. Comme le cahier papier, le cahier électronique peut servir de preuve de paternité, d’originalité ou d’antériorité en cas de conflit lié à la propriété intellectuelle.

La traçabilité est assurée par l’authentification (simple ou double) des contributeurs et la datation des modifications. Il est possible de faire horodater ses expériences par Universign, garantissant leur existence à une date donnée.

Suis-je obligé d’utiliser les cahiers de laboratoire dans mon unité / équipe / groupe de recherche ?

Non. L’UM n’impose pas l’usage des cahiers de laboratoire électroniques.

Des « équipes CLE » sont ouvertes à tout personnel de recherche qui en fait la demande (avec l’accord de la direction).

La décision d’en imposer l’usage dans une unité ou une équipe appartient à chaque direction.

Néanmoins, l’utilisation d’un cahier de laboratoire est fortement recommandée dans le cadre d’une démarche qualité. Elle est contractuellement obligatoire pour les doctorants.

Les cahiers de laboratoire électronique ne sont-ils pas plus adaptés au travail de paillasse ?

Initialement, oui. À la fin des années 1990, les premiers CLE se sont développés au sein de la communauté des chimistes, dans une optique orientée recherche et développement.

Ainsi, une bonne partie des fonctionnalités implémentées dans ces outils était conçue spécifiquement pour cette discipline. Avec le temps, les champs disciplinaires couverts par les CLE se sont étendus. Soit par la création de nombreux CLE spécifiques dédiés à des domaines particuliers (agronomie, pharma/biomédical, géologie, etc.) ou bien par le développement de CLE génériques conçus pour s’affranchir des limites disciplinaires.

eLab FTW, est un CLE générique largement utilisé dans les disciplines qui utilisaient déjà les cahiers de laboratoire papiers telles que la physique, la chimie ou encore la biologie cellulaire et moléculaire, mais également dans les disciplines dont cet outil n’est pas au cœur du métier telles que les sciences du langage, la psychologie, la philosophie/histoire des sciences ou encore la géographie.

J’ai besoin de travailler hors du laboratoire (télétravail / sur le terrain), puis-je utiliser le cahier de laboratoire électronique ?

Oui. En tant qu’outil web, le CLE est accessible partout en France avec une connexion internet.
Il fonctionne aussi sur tablette ou smartphone (écriture au stylet possible).

Attention : une connexion internet est nécessaire pour l’utiliser.

Où sont stockées mes données ?

Elles ne sont pas stockées sur votre terminal.
Elles sont hébergées sur des serveurs sécurisés avec redondance, gérés par 3DS Outscale, en région parisienne.

Vous pouvez à tout moment exporter vos données en .pdf, .csv, .zip ou .enl (format informatique dédié aux CLE). Les .zip et .enl peuvent être rechargés dans eLabFTW tel quel, permettant le transfert de vos expériences ou ressources d’une instance à une autre sans problème si vous le désirez.

J’utilise des fichiers gros volume, puis-je les uploader dans le cahier de laboratoire électronique ?

Le CLE n’a pas vocation à stocker des données brutes volumineuses (données protéomiques ou génomiques, ct-scan, vidéo longue ou en très haute définition).

Si vous utilisez des fichiers de grande taille, il est préférable de les déposer dans un entrepôt de données disciplinaire et d’importer le lien du fichier déposé dans le CLE (un onglet dédié peut être généré dans les entrées du CLE). Un lien vers un serveur de stockage local est également possible.

Une limite de 100 Mo par fichier est fixée, mais il est possible d’importer plusieurs fichiers dans une même entrée.

Pour plus d’information

Le webinaire science ouverte dédié aux CLE

Bonnes pratiques de mise en place d’un cahier de laboratoire électronique du CNRS

L’instance de démonstration de elab FTW accessible à tous sans login